Les boites de vitesses fonctionnent de la manière suivante : deux masselottes sont solidaires de l’arbre de transmission. Une des deux couronnes (la plus « longue ») est fixée sur une cloche. A une certaine vitesse, les masselottes s’écartent un tantinet pour venir se coller à la cloche se faisant par la même entrainer par le plus petit pignon de l’embrayage. La plus petite couronne, montée sur une roue libre n’a plus d’emprise sur la transmission, le second rapport est passé.

Il n’y a pas beaucoup de place sur les flancs de la moto, il fallait donc trouver une boite qui soit la plus proche possible du châssis. La plupart des boites disposent d’une cloche se trouvant côté châssis ce qui déporte d’autant l’ensemble vers l’extérieur.
La boite de la R40 a la particularité d’avoir cette cloche en son centre, juste entre les deux couronnes. De ce fait, la petite couronne se trouve à quelques millimètres seulement du châssis, à condition que le support du roulement de l’axe de transmission passe à l’intérieur.
Ce tableau donne une bonne idée des différentes combinaisons possibles : avec 3 pignons de première côté embrayage, 5 de seconde, 3 couronnes de première et 3 de secondes, cela ne fait pas moins de 9 rapports de première et 15 pour la première ! De quoi adapter la transmission à tous les circuits !
Mais un nouveau problème surgit. Le nombre de dents des couronnes et des pignons étant différent de l’origine, le rapport induit par la transmission secondaire (chaine) n’a plus rien à voir avec l’originale ! Il faut trouver un moyen de faire en sorte que le réglage le plus « neutre » soit retrouvé.
Une seule solution, changer radicalement le pignon de chaine et le plateau côté roue. Mais ce n’est pas aussi simple que cela y parait. La chaine ayant un pas de 6,35 elle fait tourner des plateaux surdimensionnés : il va falloir remplacer la chaine et en utiliser une avec un pas de 5 mm ce qui permettra l'utilisation d'un pignon à 7 dents (au lieu de 9) et un plateau de 30 dents (au lieu de 26).
Le rapport d'origine est le suivant :
nb dents plateau / nb dents pignon côté chaine
26/9 = 2,8889
nb dents couronne / nb dents embrayage
50/12 = 4,1667
soit un rapport total de 7,0556
Pour retrouver le même rapport, il faut utiliser cette combinaison :
nb dents plateau / nb dents pignon côté chaine
30/7 = 4,2857
nb dents couronne / nb dents embrayage
59/21 = 2,8095
soit un rapport total de 7,0952 à 100,56 % du rapport d'origine, tout en ayant la possibilité de tirer plus long ou plus court côté embrayage avec 4 rapports en dessus et en dessous !
une vue qui permet d'apprécier l'espace réduit entre le cadre et la boite

un aperçu du montage du moteur
Un nouvel arbre de support de boite a été tourné en acier mais la version définitive sera en titane, histoire d’alléger les masses en rotation et limiter un peu l’effet gyroscopique. Notez que cet arbre est tellement précis qu’il n’autorise aucun jeu dans les roulements d’origine et pas de mouvement latéral de la boite.